Né à Anvers, Henry Van de Velde est le sixième des huit enfants d'une famille dont le père est pharmacien. Celui-ci, Charles Van de Velde, originaire de Bruxelles, organise des rencontres autour de compositeurs venus du monde entier. Henry fait ses humanités à Anvers ; au cours de l'année scolaire 1879-1879, il est le condisciple de Max Elskamp, futur poète, avec qui il restera en amitié.

Henry entre à l'Académie des beaux-arts d'Anvers en 1880 et y reste jusqu'en 1882 ; il devient également l'élève du peintre Charles Verlat dans son atelier privé. En 1883, il est très marqué par une exposition de peintres impressionnistes qui se tient à Anvers ; il veut partir pour Paris et y finir ses études. Il y rencontre le groupe formé autour de la Société des artistes indépendants qui venait d'être créé par Paul Signac et Georges Seurat ; là, Augustin Feyen-Perrin lui conseille de poursuivre ses études avec Carolus-Duran qui l'accepte comme élève pour l'année 1884-1885. Henry commence à peindre, il se montre très influencé par les post-impressionnistes et les travaux des pointillistes.